علامه بزرگوار حضرت آیت الله حاج سید علی حسینی میلانی در ماه مبارک رمضان سال ۱۳۶۷ هجری قمری مطابق با سال ۱۳۲۷ شمسی در نجف اشرف در میان خانواده‌ای علمی، اصیل و ریشه‌دار و معروف به علم و تقوا و فضیلت دیده به جهان گشود.

• از تبار پاکان

پدر بزرگوارش آیت الله حاج سید نورالدین میلانی فرزند ارشد آیت الله العظمی میلانی می‌باشد که در ۱۴ شوال ۱۳۳۶ قمری در نجف اشرف متولد گردید. دروس علوم الهی را در نزد مشاهیر و بزرگان فرزانه و نامدار عتبات عالیات همانند آقا سید زین العابدین کاشانی، حاج آقا حسن طباطبایی قمی، شیخ محمدعلی اردبیلی، شیخ علی محمد بروجردی، والد بزرگوارش و آقا سید ابوالقاسم خویی تکمیل و مبانی علمی خویش را استوار نمودند. آقا سید نورالدین امام جماعت حرم سیدالشهداء (علیه السلام) بودند و اهتمام جدی و ویژه به مسایل اجتماعی و رسیدگی به احتیاجات مردم داشتند و به همین علت در میان اهالی کربلای معلی دارای محبوبیت فوق العاده‌ای بودند. آن جناب اقداماتی اساسی در مسائل مهم داشته اند از قبیل استقلال کشمیر، که مکرراً به سازمان ملل مخابره کرده و با چهار زبان بر علیه اسرائیل ایراد نطق نموده که نظر محافل سیاسی و همگانی را به خود معطوف گردانید. وی با مسافرت به کشورهای مختلف اسلامی خدمات مؤثری را به مردم آن کشورها انجام داده‌اند. تأسیس کتابخانه‌ای عمومی به نام سیدالشهداء در کربلای حسینی از مهم‌ترین آثار ماندگار آن بزرگوار می‌باشد. سید نورالدین در سال ۱۳۹۳ قمری از سوی حاکمان حزب بعث عراق به همراه سایر علما و ایرانیان اخراج گردید و بعد از ورود به ایران در شهر ری ساکن گردید.
آیت الله حاج سيد نورالدین حسینی میلانی در سال ۱۴۲۵ قمری دارفانی را وداع گفت و پیکر پاکش در سرزمین مقدس قم و در قبرستان شیخان بخاک سپرده شد.
مادر ارجمند آیت الله سید علی حسینی میلانی نیز دختر حجت الاسلام والمسلمین سید حسین رضوی تبریزی نجفی (متوفای ۱۳۵۷ قمری) فرزند آیت الله العظمی مجاهد بزرگ سید علی رضوی تبریزی، بانویی پرهیزگار و متهجد و در جهات اخلاقی صاحب امتیازاتی بودند که در سال ۱۳۷۵ قمری در نجف اشرف دار فانی را وداع و در صحن مطهر علوی مدفون گردید.

• جد بزرگوار

آيت الله العظمی سید محمدهادی میلانی (ره) جد بزرگوار آیت الله حاج سیدعلی حسینی میلانی از مراجع عالیقدر تقلید جهان شیعه می‌باشد که شرح زندگی و خدمات علمی، فرهنگی و سیاسی وی در گلشن ابرار آمده است.
علامه سید علی حسینی میلانی اجداد و تبار با فضیلت خویش را اینگونه معرفی نموده است:
خاندان ما میلانی منتسب به شهرک میلان در نزدیکی‌های تبریز است. در حدود ۲۵۰ سال پیش مردم آن منطقه دیدند که در آن دیار سیدی از اولاد پیامبر(صلی الله علیه وآله وسلم) وجود ندارد. بخاطر اینکه آن منطقه به وجود سادات صاحب برکت شود، این موضوع را با علمای تبریز در میان نهادند و نتیجه این شد که حجاج در موسم حج از رئیس سادات مدینه تقاضا نمایند تا سیدی را به همراه آنها با خودشان بیاورند. دو نفر از سادات مدینه به نامهای سیدعلی اکبر و سید حسین که با هم برادر بودند به تقاضای مردم و علما جواب مثبت دادند و به همراه آنان آمدند و در این منطقه ساکن شدند که سید علی اکبر جدّ ماست. سید علی اکبر نوادگانی دارد به نام سید احمد که جهت تحصیلات علوم دینی ساکن نجف اشرف گردید و از شاگردان صاحب جواهر بود، فرزند وی سید جعفر که از فضلاء حوزه علمیه نجف اشرف بود مفتخر به دامادی آیت الله العظمی شیخ محمدحسن مامقانی عالم و مرجع بزرگ عصر خود گردید که جدم آیت الله العظمی سید محمدهادی حسینی میلانی داماد فرزند آن بزرگوار و داماد دایی خود آیت الله العظمی شیخ عبدالله مامقانی می‌باشد. اما بنده از طرف مادری نیز منتسب به خاندان علم و تقوا و فضیلت هستم. مادرم که بانویی پرهیزگار، اهل عبادت، متهجد و از لحاظ اخلاقی ممتاز بودند دخت علامه سید حسین رضوی تبریزی نجفی است که در سال ۱۳۷۵ قمری در نجف درگذشت و در صحن مطهر علوی مدفون گردید. سید حسین فرزند برومند آیت الله العظمی آقا سید علی رضوی تبریزی ملقب به داماد است چرا که وی نیز داماد آیت الله العظمی شیخ محمدحسن مامقانی است. مادر این بانو، دختر علامه شیخ حسن شربیانی فرزند عالم بزرگ آیت الله العظمی فاضل شربیانی است که از بزرگان شیعه امامیه عصر در نجف اشرف بود.
مادر پدر بزرگوارم نیز دختر گرامی مرحوم آيت الله شیخ عبدالله مامقانی فرزند عالم بزرگوار آیت الله العظمی شیخ محمدحسن مامقانی رحمه الله ‌است و لذا انتساب بنده از دو طرف پدر و مادر به آیت الله العظمی حاج شیخ محمدحسن مامقانی می‌باشد.

• تحصیل و اساتید

علامه بزرگوار حضرت آیت الله حاج سید علی حسینی میلانی دوران رشد و بالندگی خود را در حوزه علمیه کربلا و سپس حوزه علمیه نجف اشرف پشت سر نهاد، ایشان هنوز ده بهار از عمرش نگذشته بود که به همراه خانواده‌اش نجف اشرف را ترک و به کربلای معلی مهاجرت کردند و در جوار مرقد جدش حضرت سید الشهداء (علیه السلام) ‌رحل اقامت افکنده و تحصیلات خود را در این شهر آغاز نموده و از محضر عالمان و دانشمندان فرزانه حوزه علمیه کربلا کسب فیض و دانش کردند که معظم له درباره علت هجرت و مراحل تحصیلی و اساتید بزرگوارش این چنین توضیح داده‌اند: «من شاید کمتر از ده سال داشتم که جدم آیت الله العظمی سید محمدهادی میلانی با دعوت آیت الله العظمی حاج آقا حسین طباطبایی قمی رحمه الله علیهما به کربلا منتقل شدند. مرحوم حاج آقا حسین قمی رهبر قیام مسجد گوهرشاد بود که بعد از آن قضیه، توسط رضاخان از ایران تبعید شدند. ایشان وقتی که در کربلا ساکن شدند در جهت احیای حوزه مقدسه کربلا، از عده‌ای از علمای نجف دعوت به عمل آوردند که مرحوم جدم از جمله آنها بود. بدنبال هجرت جدّمان، همه خانواده به کربلا منتقل شدیم وقتی به کربلا آمدیم من تحصیلاتم را در این شهر شروع کردم و اساتید بزرگوارم غالباً از شاگردان جدّم می‌باشند.
ادبیات و منطق را در نزد آیت الله سید مرتضی طباطبایی حائری و آقازاده ایشان حجت الاسلام والمسلمین سید محمد طباطبایی حائری خواندم، مرحوم آقا سید محمد نیز عالمی محبوب و مردم‌دار بود که بخاطر دسیسه‌ای که دشمنان برای او درست کردند ۲۰ سال از عمرش در زندان‌های صدام سپری گردید و اندکی بعد از آزاد شدن رحلت کرد. وی در «مدرسه بقعه» تدریس می‌کردند. این مدرسه بخاطر آنکه مدفن آیت الله آقا سید محمد مجاهد (متوفای ۱۲۴۲ قمری) در آنجا قرار دارد به مدرسه بقعه معروف شده است. اما معالم و معانی و بیان را در نزد حجت الاسلام والمسلمین آقا شیخ عبدالحسین بیضائی که از شاگردان جدم بود فراگرفتم و نیز لمعه را در نزد حجت الاسلام والمسلمین آقا سید محسن جلالی کشمیری در همان مدرسه خواندم، ‌بخشی از رسائل و مکاسب را در نزد حجت الاسلام والمسلمین آقا شیخ محمد صدقی مازندرانی خواندم. مرحوم صدقی مازندرانی دارای ولایت فوق العاده‌ای بود که بعدها به قم آمد و در حوزه قم ساکن و مشغول تدریس گردید و نیز در همین شهر فوت کرد و در قبرستان نو بخاک سپرده شد. سپس برای ادامه تحصیل به نجف اشرف منتقل شده و بخش دیگر رسائل و مکاسب را در نزد آیت الله آقا شیخ مجتبی لنکرانی فرا گرفتم که ایشان هم به ایران آمد و در اصفهان ساکن گردید و در صحن مطهر حضرت معصومه سلام الله علیها مدفون هستند، و بعد به خواست جدم به مشهد مقدس رفتم و کفایه را در نزد آیت الله آقای عندلیب سبزواری که از شاگردان جدم بود فراگرفتم.
حضرت آیت الله حاج سید علی حسینی میلانی درباره چگونگی مهاجرت خود، به ایران و تحصیل در مشهد مقدس و قم را این گونه بیان کرده است: جدم مرحوم آیت الله العظمی میلانی رحمه الله که در سال ۱۳۷۳ قمری جهت زیارت امام رضا علیه السلام به ایران آمدند، با اصرار فراوان علماء در مشهد مقدس ماندگار شدند. به پدرم نامه‌ای نوشتند و از ایشان خواستند که فلانی (بنده) را به مشهد بفرستید تا هم درس بخواند و هم در کارها به من کمک نماید و لذا بنده در حدود سال ۱۳۵۰ شمسی به مشهد مقدس آمدم و به مدت سه سال و نیم از محضر جدم بهره‌مند شدم تا اینکه ایشان مریض شد و درس تعطیل گردید. بعد از رحلت ایشان در ماه رجب سال ۱۳۹۴ هجرى قمرى (۱۳۵۳ شمسی)، جهت ادامه تحصیل به قم آمدم.

• اساتید نامدار

آیت الله حاج سیدعلی حسینی میلانی جهت تکمیل تحصیلات عالیه و افاده و افاضه اندوخته‌های علمی و معنوی رهسپار دیار کریمه اهل بیت حضرت معصومه سلام الله علیها گردید و زانوی علم و ادب در مکتب علمی اساتید نامدار بر زمین زده و از خرمن دانش بیکران آنان خوشه‌های فراوانی چیدند. اسامی اساتید نامدار وی عبارتند از آیات عظام:

۱. آیت الله العظمی حاج سید محمدرضا موسوی گلپایگانی (متوفای ۱۴۱۴ قمری) در فقه:
حضرت آیت الله میلانی در درس فقه این استاد بزرگوار حاضر شد و مطالب درس او را به زبان عربی نوشت که چندین مجلد آن طبق دستور استادش به چاپ رسید که در این باره وی چنین گفته است:
وقتی در درس آیت الله العظمی گلپایگانی رفتم ایشان کتاب حج را درس می‌گفتند، بعد کتاب بیع را شروع کردند و من مطالب درس ایشان را در همان جلسه به صورت عربی می‌نوشتم. تا اینکه ایشان در جلسه درس اظهار تمایل کردند که دفاتر تقریرات شاگردان را ببینند که من هم جزوه‌ام را خدمت ایشان ارسال کردم. بعد از چندی آقازاده ایشان مرحوم حجت الاسلام حاج آقا مهدی به من گفتند که آقا با شما کار دارند؟ آن موقع من طلبه جوانی بودم، گفتم ولی من با آقا کار ندارم؟ مجدداً اصرار کرد و گفت: جزوه شما مورد پسند آقا واقع شده و می‌خواهند در این رابطه با شما حرف بزنند. قبول کردم و به منزل ایشان رفتم و معلوم شد دفاتر زیادی را به ایشان داده‌اند که همه را مطالعه کرده‌اند. تا من را دید از اسم من سؤال کرد خودم را معرفی کردم بسیار خوشحال شد و اظهار گلایه کرد که چرا زودتر خودم را معرفی نکردم؛ خلاصه ایشان فرمود: این جزوه شما بسیار خوب است و دلم می‌خواهد ادامه بدهی و هر هفته آن را بیاری تا من ببینم آن وقت ایشان به عنوان تشویق به بنده جایزه خوبی دادند. من هم مرتب مطالب ایشان را می‌نوشتم و خدمت ایشان می‌دادم که جلد اول کتاب بیع با دستور ایشان چاپ شد. تا اینکه انقلاب شروع شد و درس ها به مدت یک سال تعطیل شد. بعد از انقلاب ایشان فرمودند چون انقلاب شد و مملکت الان نیاز به قاضی دارد ما درس قضا و شهادت را شروع می‌کنیم که من هم مطالب این درس را نوشتم و بعد از دستور ایشان و تقرِِيظشان بر آن، در ۳ جلد به چاپ رسید.

۲. آیت الله میرزا کاظم تبریزی (متوفای ۱۴۱۶ قمری) در فقه
وی درباره این استاد ارجمندش می‌گوید: حضرت آیت الله العظمی میرزا کاظم تبریزی فقیه و اصولی بزرگی بود و انصافاً در حکمت و فلسفه متبحربود.

۳. آیت الله العظمی حاج شیخ حسین وحید خراسانی دام ظله در فقه و اصول
آیت الله میلانی از شاگردان برجسته آیت الله العظمی وحید خراسانی در فقه و اصول به شمار می‌آیند و به امر و دستور استادش درس خارج فقه و اصول را در حوزه علمیه قم آغاز کرده‌اند و مبنای تدریس خود را در خارج درس اصول، مطالب اصولی استادش قرار داده است و کتاب تحقیق الاصول که از مؤلفات او است مشتمل بر مطالب درس استادش می‌باشد و آن را در ۱۰ جلد به چاپ رسانده و منتشر ساخته است.

۴. آیت الله العظمی حاج سید محمد روحانی (متوفای ۱۴۱۸ قمری) در اصول

۵. آیت الله حاج شیخ مرتضی حائری یزدی (متوفای ۱۴۰۶ قمری) در فقه
آیت الله میلانی در طی دوران تحصیل همواره مورد احترام و عنایت بزرگان و اساتید نامدارش بوده‌اند و خصوصاً به دو تن از اساتید بزرگوارش آیات عظام گلپایگانی و وحید خراسانی مبذول داشته و ملازمت و تقریرات درسی آن دو استاد گرانمایه را به رشته تحریر درآورده‌اند.

• تدریس خارج فقه و اصول

حضرت آیت الله میلانی همانند سیره همه بزرگان حوزه‌های علمیه همزمان با تحصیل و کسب علم و دانش نیز به تدریس علوم اسلامی اشتغال ورزیده و هر کتابی را که فرا می‌گرفت کتاب قبل را تدریس می‌کردند و هم اینک کرسی تدریس خارج فقه و اصول در حوزه علمیه قم دارند و دهها نفر از طلاب و فضلا در مکتب علمی ایشان شرکت و از دانش بیکران ایشان بهره‌مند می‌گردند. روش و مبنای تدریس ایشان به همان سبک و شیوه‌ای است که جدش از آن استفاده می‌کردند. یعنی ابتدا ایشان متن و عبارت کتاب فقه یا اصول را می‌خوانند و آن‌گاه آیات و روایات مربوط به هر موضوع را با دسته‌بندی جالبی مطرح و سپس با ذکر اقوال و بحث و بررسی و نقد آن نتیجه‌گیری می‌نمایند. آیت الله میلانی علاوه بر تدریس دروس رسمی خارج فقه و اصول، به تدریس دروس اعتقادات پرداخته و از آنجایی که معظم له در این فن مهارت ویژه‌ای دارند همواره مشتاقان فراوانی داشته است و هم اینک وی یکی از اساتید مبرّز و برجسته دوره تخصصی اعتقادات در حوزه علمیه قم به شمار می‌آیند و موفق به تربیت و پرورش دهها متخصص در مکتب علمی خویش شده‌اند.